Kerangka pemikiran pembaharuan Cak Nur berlandaskan pada pemahaman yang radikal terhadap dua prinsip dasar Islam, yaitu konsep tauhid dan gagasan bahwa manusia adalah khalifah Allah di muka bumi. Menurut Cak Nur, dari dua prinsip dasar tersebut dapat dirumuskan premis-premis teologis yang menegaskan bahwa hanya Allah yang memiliki transendensi dan kebenaran mutlak. Sebagai konsekuensi dari penerimaan prinsip monoteistik ini, kaum Muslim seharusnya memandang dunia dan masalahnya—yang bersifat temporal (sosial, budaya, dan politik)—seperti apa adanya. Memandang dunia dan segala sesuatu di dalamnya dengan cara yang sakral dan transendental secara teologis dapat dianggap bertentangan dengan inti paham monoteisme Islam.
Dalam tulisannya, Keharusan Pembaharuan Pemikiran Islam dan Masalah Integrasi Umat, Cak Nur menyoroti bahwa kaum Muslim Indonesia mengalami kemunduran dalam pemikiran keagamaan dan telah kehilangan kekuatan daya gebrak psikologis (psychological striking force) dalam perjuangan mereka. Indikasi penting dari kemandegan tersebut adalah ketidakmampuan mayoritas Muslim untuk membedakan antara nilai transendental dengan nilai temporal. Bahkan, ia menunjukkan bahwa hierarki nilai itu sering kali diperlakukan terbalik: nilai yang transendental dipahami sebagai nilai temporal, dan sebaliknya. Akibat cara keberagamaan seperti ini, Islam dipandang senilai dengan tradisi, dan menjadi Islamis dipandang sederajat dengan menjadi tradisionalis.
Menurut Cak Nur, umat Islam menghadapi pilihan kritis: jalan pembaruan yang menuntut pemikiran kembali secara teliti tentang makna agama di dalam dunia modern dengan pengorbanan solidaritas umat, atau memelihara solidaritas itu dengan pengorbanan pemikiran yang beku, sehingga kehilangan kekuatan moral. Cak Nur menawarkan proses liberalisasi yang mencakup tiga dimensi, yaitu sekularisasi, kebebasan intelektual, serta ide kemajuan dan keterbukaan.
Konsep sekularisasi yang ditawarkan Cak Nur diasumsikan identik dengan yang ditawarkan oleh Harvey Cox dan sosiolog Robert N. Bella. Dalam bukunya The Secular City: Secularization and Urbanization in Theological Perspective, Cox mendefinisikan sekularisasi sebagai pembebasan manusia dari ajaran-ajaran agama dan metafisika, serta peralihan perhatian dari dunia-dunia lain menuju dunia yang satu ini. Cox membedakan antara sekularisasi dan sekularisme. Sekularisasi mengimplikasikan sebuah prosa kesejarahan yang hampir pasti tidak dapat diubah, di mana masyarakat dan kebudayaan dilepaskan dari pengawasan agama dan pandangan dunia metafisik yang tertutup. Sedangkan sekularisme adalah ideologi baru yang berfungsi hampir sepenuhnya mirip dengan agama.
Di sisi lain, Robert N. Bella sebagai seorang sosiolog melihat Islam pada masa Muhammad lebih modern dibandingkan periode berikutnya. Menurut Bella, pada zaman Muhammad, masyarakat Arab melakukan lompatan besar dalam menghadapi keruwetan sosial dan kecakapan berpolitik. Bangsa kita masih terbilang kolot dalam menyampaikan nilai-nilai Islam kepada masyarakat yang ingin mengetahuinya.
Solusi Cak Nur dalam Memberikan Jawaban Tentang Kemunduran Umat Islam
Dalam pandangannya, Islam bukan sekadar agama yang mengatur aspek spiritual, tetapi juga sistem nilai yang mampu membangun peradaban yang maju dan inklusif. Ia menekankan pentingnya pembaruan pemikiran Islam agar tetap relevan dengan perkembangan zaman tanpa kehilangan esensi ajaran Islam itu sendiri. Bagi Cak Nur, Islam adalah agama yang terbuka terhadap ilmu pengetahuan, demokrasi, dan nilai-nilai kemanusiaan, sehingga dapat menjadi landasan bagi peradaban yang berkeadaban dan berkemajuan.
Dalam pemikirannya, Cak Nur mengkritik pemahaman Islam yang sempit dan eksklusif, yang justru menghambat kemajuan peradaban Muslim. Ia menekankan konsep Islam Yes, Partai Islam No, yang berarti Islam harus menjadi inspirasi dalam kehidupan sosial dan politik, tetapi tidak harus diwujudkan dalam bentuk negara Islam atau partai politik berbasis agama. Bagi Cak Nur, esensi Islam adalah nilai-nilai universal seperti keadilan, persaudaraan, dan kebebasan berpikir yang dapat diterapkan dalam berbagai sistem sosial dan politik.
Ia juga mengusung ide sekularisasi dalam arti pemurnian ajaran Islam dari unsur-unsur budaya yang tidak relevan dengan semangat kemajuan. Gagasan Cak Nur tentang Islam sebagai doktrin peradaban masih sangat relevan dalam menghadapi tantangan global saat ini. Di era modern, umat Islam perlu mengambil pelajaran dari sejarah peradaban Islam yang gemilang dan mengadaptasinya dengan kondisi zaman sekarang. Pemikiran inklusif dan terbuka sangat dibutuhkan agar Islam tidak terjebak dalam konservatisme yang membatasi kemajuan.
Oleh karena itu, ide-ide Cak Nur dapat menjadi inspirasi bagi umat Islam untuk terus mengembangkan pemikiran yang kritis, progresif, dan tetap berakar pada nilai-nilai Islam yang rahmatan lil ‘alamin. Seperti halnya Cak Nur menciptakan nilai-nilai dasar perjuangan yang kemudian dikembangkan oleh Himpunan Mahasiswa Islam (HMI) di Indonesia untuk menjawab persoalan-persoalan agama Islam. Sebenarnya, tidak ada masalah jika kita sebagai umat Muslim berpedoman pada ajaran Islam dan memandang segala sesuatu dari sudut pandang Islam, termasuk masalah-masalah kemasyarakatan dan kenegaraan berdasarkan Pancasila.
Kita di Indonesia selama ini selalu mengklaim diri sebagai Muslim dan pejuang Islam. Namun, kita sering lupa tentang cara kita menyampaikan Islam tersebut. Kita harus bisa membumikan ajaran-ajaran Islam dengan cara mengikuti peradaban-peradaban yang saat ini maju. Jangan terlalu kolot atau kuno dalam menyampaikannya. Dari situ, kita bisa mengambil kesimpulan bahwa pemahaman keislaman di Indonesia masih terbilang dangkal, sehingga ada persoalan dalam bagaimana menghayati nilai-nilai Islam itu.
Semangat gerakan pembaruan Islam merupakan upaya revitalisasi peran Islam dalam proses transformasi sosial. Berkaitan dengan persoalan pembaruan Islam, kita harus menghindari kemunduran. Islam harus bisa mempertahankan eksistensinya untuk menjawab tantangan di era globalisasi dan digitalisasi, agar tetap berkontribusi dalam kemajuan peradaban yang tiada henti. Islam adalah agama yang diwahyukan Allah sebagai agama kasih sayang bagi seluruh alam.